그런데 목적세로서의 명분이 이론적으로 뒷받침 될 수 있는지 여부에 대해서는 그 동안 논란이 많았다. 특히 예산의 경우 특정한 세입을 특정한 세출목적과 결부시키는 것을 금지하는 목적구속금지(目的拘束禁止)의 원칙(non-affection)에 기초하고 있기 때문에 목적세는 그러한 원칙에 위배된다는 사실이다.만약 예산이 목적구속금지의 원칙에 배치된다면 많은 독립적인 금고가 설치되어야 하고 정부는 국가 전체의 안목에서 정책을 수립할 수 없게 된다. 목적세는 공공재의 편익을 소비하는 지역이나 주민이 정확히 파악되는 경우 설득력을 가질 수 있다. 공원이나 상하수도시설, 교량 등의 건설은 목적세를 신설하여 그 편익수혜자로부터 재원을 조달하는 것이 조세이론에 부합된다.
오랫동안 세제개혁차원에서 교육세와 같은 목적세 폐지가 추진되었다. 우리나라 전체 국세 중 목적세가 차지하는 비중은 21.3%(작년예산기준)로 재정의 탄력적 운용을 가로막고 있다는 지적을 받아왔다. 일본을 비롯한 선진국 1%에 비해 엄청나게 높다는 사실을 알 수 있다. 그러나 목적세 폐지방안이 극심한 부처 이기주의로 인해 이번에도 좌초되었다. 과거에도 목적세 폐지가 시도된 적이 있으나 추진의지가 약해 번번히 실패한 경험이 있다. 재경부는 3개 목적세를 본세에 통합해야 한다는 원칙에 따라 내년에 다시 목적세폐지를 추진한다고 한다. 세제개혁을 위해서는 김대통령의 결단이 필요하지 않을까 생각된다.