이에따라 새만금 재판은 2심, 3심으로 이어지면서 지루한 법적 공방을 계속할 전망이며, 이 과정에서 방조제 공사중지 등으로 인한 막대한 예산낭비와 함께 사업의 장기 표류·교착도 우려된다.
박홍수 농림부장관은 6일 ‘새만금사업 소송 1심 판결에 대한 입장’을 발표하고 “법원의 판결은 법리적으로나 사실인정 차원에서 무리가 있다고 판단해 서울고등법원에 항소, 새로운 재판부의 판단을 받기로 했다”고 밝혔다.
농림부는 △수질문제는 정부의 적극적인 대책으로 이미 상당히 개선됐고 △경제성 분석은 지난 88년 한국산업경제연구원과 2000년 민관공동조사단에서 심도있는 연구결과 타당성이 있는 것으로 인정됐으며 △부지의 일부를 타용도로 활용하는 방안을 논의하고 있지만 농지조성이라는 주목적은 변경된 적이 없고 △갯벌과 농지의 가치는 학자마다 견해차가 있느나 농지가치가 높다는 것이 다수 의견이므로 매립면허를 취소 또는 변경해야 할 중대한 사정변경이 있다고 보는 것은 무리라고 주장했다.
농림부는 또 매립면허 처분의 취소신청을 농림부장관이 거부했다고 하지만, 이는 단순한 민원회신에 불과한 것으로 이를 행정처분으로 보고 취소청구를 받아들인 것은 법리상 무리가 있다고 강조했다.
농림부는 특히 매립면허를 취소·변경하는 것이 필요한지 여부는 행정청이 합리적으로 판단해서 결정할 사항이며 재판부의 판단대로 매립면허를 취소 또는 변경할 경우 많은 문제점이 예상된다고 밝혔다.