원고인 환경단체측은 1심 직후인 지난 2월 새만금 사업 1심 판결에 불복, 항소장을 제출했으며 환경단체는 지난 8일, 전북도는 지난 15일 각각 항소이유서를 제출했다. 양측의 항소이유서가 제출됨에 따라 6월 항소심에 앞서 항소이유를 담은 서류공방을 예고하고 있다.
도는 원고들이 변호인단에 소송을 위임하는 과정에서 날인한 도장이 모두 재질과 인각이 동일하는 점을 들어 환경단체를 중심으로 몇몇 사람들이 도장을 일괄 주문해 찍은 것 아니냐는 의혹을 제기하고 있으며 원고적격 여부에 대해서도 이의를 제기한 상태. 원고측 역시 원고적격에 대한 주장과 함께 일본판 새만금으로 불리는 이사하야만 사례 등을 담았다.
정부는 원고측 항소이유서에 대해 이달 말께 답변서를 제출할 예정이며 전북도 역시 정부 답변서에 중복되지 않은 범위내에서 다음달께 답변서를 제출할 계획이다.