반면 국무조정실을 비롯한 3개 관련 부처는 “새만금 해역의 효율적인 관리방안을 마련할 계획”이라고 밝히는 등 원론적인 입장만을 되풀이했다.
농림부는 건의안에 대한 답변을 통해 “미래지향적인 내부토지 활용방안에 대한 연구용역이 진행중에 있다”고 들고 “현재 공사중인 방조제 공사는 2006년에 물막이공사를 완료할 계획”이라고 답했다.
이어 “방조제 안쪽의 토지개발은 국토연구원의 연구용역 결과를 토대로 국가이익과 지역발전을 고려한 방향으로 순차적으로 추진해 나갈 것”이라고 덧붙였다.
이와함께 국무조정실은은 “새만금 환경대책위원회에서는 새만금 수질대책 추진상황 등을 매년 점검·평가하고 있다”면서 “내부토지에 대해서는 새만금사업의 당초 취지를 유지하면서 국가 및 지역발전에 도움이 되는 장기개발계획을 구상중”이라고 말했다.
또 해양수산부는 “2002년부터 해양연구원을 주관기관으로 연구조사를 진행하고 있으며, 연구결과를 토대로 새만금 해역의 효율적인 관리방안을 마련할 계획”이라고 밝혔고, 기획예산처는 “국토연구원 등의 전문연구기관을 통한 연구용역이 진행중으로, 용역결과가 나오면 내부개발계획에 대해 논의가 있을 것으로 예상된다”고 회신했다.
협의회는 지난 4월15일 인천에서 열린 제98차 시·도 대표회의에서 새만금종합개발사업의 조기완공을 촉구하는 건의안을 채택하고, 이 건의안을 청와대를 비롯한 국무총리와 농림부 등 9개 부처에 전달했다.