자율점검제도란 배출업소를 점검기관이 방문하여 일일히 점검하는 대신 사업자가 오염물질 배출허용 기준과 각종 환경법규 준수의무 이행여부를 스스로 점검하여 보고하고 점검기관의 정기점검을 면제하는 것으로, 사업자가 보고한 자율점검 결과가 허위보고나 위법사실 은폐 등 문제가 있는 경우에는 점검기관이 중점 관리하게 되는 제도다.
자율점검제도의 주요 내용을 보면 △사업장 환경을 사업자가 스스로 관리할 수 있도록 허용되는 배출업소(자율점검업소)는 최근 2년간 환경법규 위반사실이 없어야 하며 △대기배출시설이 있는 경우 굴뚝배출가스 자동측정기기(TMS)를 1개소 이상 설치한 사업장이나 단순 보일러 시설만 설치한 사업장, 그리고 폐수배출 시설이 있는 경우 폐수종말처리장이나 하수종말처리장으로 폐수를 유입처리 하는 경우 등으로 지정요건이 제한되고 △폐기물·유독물·악취 등을 소홀히 관리해온 적색등급의 사업장과 폐수수탁처리 업소 및 폐기물처리업소 등은 자율점검업소 대상 업소에서 제외된다.