나머지는 무효청구의 기각과 거부처분취소청구의 사정판결이다. 사정판결은 거부처분 취소사유가 인정되나 국가이익상 진행하는 것이 유익하다고 판단하는 것으로, 정부는 원고측에 손해배상 등의 부수적 조치를 취하도록 하는 판결이다.
무효청구는 지난 91년 새만금지역 공유수면매립면허처분의 무효확인청구로 새만금사업의 백지화를 의미하는 것이며, 거부처분취소는 지난 2001년 환경단체 등이 농림부장관에 91년의 새만금처분을 직권으로 취소해달라는 민원을 거부한 것에 대한 청구다.
공사진행여부와 관련해 전북도는 법적으로 어떤 판결이던간에 공사진행에는 별 영향을 미치지 않는다는 판단을 내리고 있다.