접수 방법은 인터넷(www.naqs.go.kr)과 서면(방문·우편)으로 가능하고 신청 수수료는 없다. 신청서를 접수한 업체는 1차 고창출장소의 현지조사에 이어, 2차 농관원 전북지원 심사위원회의 심사를 거친다.
선정 기준은 △최근 2년간 허위 표시 또는 미표시로 적발된 사실이 없고 △원산지를 자율적으로 관리할 수 있는 인력과 부서가 있어야 하고 △매장 면적이 50평 이상이어야 한다.
우수 판매장으로 선정되면 ‘농산물 원산지 자율관리 우수판매장’ 마크 사용을 승인 받고, 수시 단속 대상에서 제외된다. 또 최우수업체로 선발되면 각종 표창을 받을 수 있는 인센티브가 부여된다.