2199년, 시스템이 인간을 지배하는 세상. 인간들은 태어나자마자 인공 자궁 안에 갇혀 기계들의 생명 연장을 위한 에너지로 사용되고 뇌세포에 매트릭스라는 프로그램을 입력 당해 평생 기계에 의해 설정된 가상 현실을 살아간다. 가상 현실의 꿈에서 깨어난 인간들은 '시온'이라는 세상을 건설하고 인류를 구원할 영웅 '그'를 찾아 나선다.