재판부는 판결문에서 "해당 처분은 국립공원인 내장산의 환경 및 미관 등을 보전·유지하기 위한 것으로, 자연환경이 파괴되지 않도록 보전하는 것이 가장 중요하다고 판단한 피고의 처분은 정당하다"면서 "시설물을 설치하려면 피고의 허가가 필요하다는 사실을 알고 있었으면서도 허가 없이 설치한 점, 연면적 합계를 감안하면 이미 자연환경지구 안에서 피고의 허가를 받아서 할 수 있는 증축의 범위마저도 초과하고 있어 합법화될 가능성이 없는 점 등을 감안했다"고 말했다.
지난 2002년 정읍시 쌍암동 자신의 땅에 사찰을 건축한 김씨는 지난 2006년 4∼9월 국립공원관리공단의 허가를 받지 않고 일주문·요사체·화장실 등 시설물을 추가로 설치했다가 공단으로부터 시설물을 철거하지 않으면 행정대집행을 하겠다는 계고처분을 받자 소송을 냈었다.