농식품부에 따르면 지난해 5월 쌀직불제 감사가 끝나자 당시 농림부는 바로 6월26일 차관을 단장으로 '쌀소득보전직불제 개선 점검단 및 태스크포스'를 구성, 개선안을 마련해 8~9월 장관과 감사원, 청와대 경제수석 및 비서실장에게 보고했다.
이후 9월10일 개선안 관련 공청회를 열었으나 농외 소득 제한, 지급규모 상한 등에 대한 찬반 의견이 크게 엇갈려 10월초 2차 개선안을 만들었고, 이를 같은 달 16일 대통령에게 보고했다.
이 내용을 정식 개정 법률안으로 다듬어 장관에게 보고한 것은 11월 15일. 이후관계부처 협의, 규제심사, 부패영향 평가 등을 거쳐 12월 4일부터 24일까지 법률개정안을 입법예고했다. 입법예고안은 연말 국회 농해수위 의원들에게도 송부됐다.
농림부는 같은 달 입법예고안의 법제처 심사까지 요청했으나, 당시 법제처가 당초 2007년도 입법계획에 없었고 심사 시간이 부족하다는 이유로 2008년 입법 추진을권고했다.
농림부 역시 물리적으로 2007년내 입법처리가 불가능하고, 이 경우 어차피 이듬해 2월부터 신청이 시작되는 2008년 쌀직불제부터 새 제도를 적용하기 어렵기 때문에 2009년 시행을 목표로 이 개정안을 2008년 입법계획에 포함시켰다.
이후 17대 국회 임기 만료, 새 정부 출범, 행정조직 개편 등이 겹쳐 사실상 법률 개정 작업은 잠정 중단됐고, 결국 농식품부는 정부 조직 개편이 마무리된 뒤 6월24일 법제처 심사를 다시 요청했다.
9월 3일 법제처 심사를 통과한 개정안은 차관회의(9월 10일), 국무회의(9월 17일), 대통령 재가(9월 28일)를 거쳐 10월 7일 마침내 국회에 제출됐다.
지난 5월 30일 임기가 시작된 18대 국회가 쇠고기 파동 등으로 파행을 겪다 사실상 8월에야 가동된 점을 감안하면 올해 법안 제출 시점도 늦지 않았다는 게 농식품부측의 설명이다.