법원은 사안의 중대성과 국민적 관심도 등을 고려해 이 사건을 부장판사와 배석판사 등 3명으로 구성된 합의부로 넘기는 '재정합의'를 하는 방안도 고려했지만 민감한 사건을 놓고 재판부를 조정하는 것은 오해를 살 여지가 있다는 판단을 내린 것으로 전해졌다.
검찰은 30개의 핵심적 장면에서 의도에 맞춰 사실을 왜곡해 광우병 위험을 과장하고 협상과정에 대한 허위사실을 유포함으로써 정운천 전 농림수산식품부 장관과민동석 전 농식품부 정책관의 명예를 훼손했다며 PD수첩 제작진 5명을 지난 18일 기소했다.
PD수첩 측은 기소 직후 "검찰의 기소는 정부정책에 대한 언론의 비판 기능을 제한한 '정치수사'로 공소사실이 사실과 전혀 다른 만큼 법정에서 사실을 다투겠다"고밝혀 향후 치열한 법정 공방이 예상된다.