재판부는 판결문에서 "과학적 연구를 위한 목적이라 해도 법적 테두리를 벗어나서 인간 난자를 이용한 데다, 허위 세금계산서 등을 이용한 사기·횡령액이 8억3천만원에 달하고 피해자에 반환하지 않는 등 죄질이 중하다"고 밝혔다.
재판부는 하지만 "난자 이용시 법적 자문을 구하고 사기·횡령한 금전을 개인적치부나 사적인 용도가 아닌 연구와 관련된 일에 사용했으며, 탁월한 연구 업적을 남기는 등 참작 사유가 있어 잘못이 작지 않지만 실형을 선고할 정도는 아니다"고 밝혔다.
재판부는 황 박사의 논문조작 사실과 함께 정부지원 연구비 관련 사기와 횡령, 난자의 불법 이용 등의 혐의에 대해 유죄를 인정했다.
그러나 논문조작으로 SK와 농협에서 20억원의 연구비를 받아낸 특정경제범죄가중처벌법상 사기 혐의에 대해선 무죄를 선고했다.
황 박사와 함께 기소된 김선종 전 연구원은 징역 2년에 집행유예 3년, 이병천 서울대 교수는 벌금 3천만원, 강성근 전 서울대 교수는 벌금 1천만원, 윤현수 한양대 교수는 벌금 700만원을 각각 선고받았고, 장상식 한나산부인과 원장에겐 선고가 유예됐다.
황 박사는 2004∼2005년 사이언스지에 조작된 줄기세포 논문을 발표한 이후 환자맞춤형 줄기세포 실용화 가능성을 과장해 농협과 SK에서 20억원의 연구비를 받아내고 정부지원 연구비 등을 빼돌린 혐의 등으로 2006년 5월 불구속 기소돼 3년4개월동안 재판을 받아왔다.