이로써 신종플루 대응은 복지부의 중앙인플루엔자 대책본부가 총괄하고, 자치단체의 방역의료 협조와 지원 업무는 행정안전부가 수행한다.
관계부처와 시ㆍ도의 보고 체계, 일일상황 보고 수집과 전파, 대언론 업무는 중대본에서 복지부로 일원화된다.
지방자치단체에 설치된 지역대책본부(지대본)도 중대본 해체와 동시에 해체하는것을 원칙으로 하되, 자치단체장이 지역의 특성과 신종 인플루엔자 확산 정도 등을고려해 필요하다고 판단되면 지대본을 유지할 수 있도록 했다.
지대본을 해체할 때는 부단체장을 본부장으로 하는 방역 의료 중심의 대응체계를 구축해 신종플루 대응에 연속성을 유지하기로 했다.
중대본 관계자는 "정부는 예방 접종을 차질 없이 진행하고 예기치 않은 예방접종 이상반응 등에 신속히 대응하는 등 경계체계를 늦추지 않을 방침이다"라고 밝혔다.