남원의료원(원장 황용)이 2009년 보건복지가족부 주관으로 전국 40개 지역거점 공공병원을 대상으로 실시한 운영평가 결과, 양질의 의료서비스 제공 및 기관의 효율적인 운영을 인정받아 우수병원으로 선정, 28일 기관표창으로 국무총리상을 수상했다.
남원의료원은 공익적 보건의료서비스, 민주적 참여에서 높은 평가를 받아 수상의 영광을 안았으며, 2006년부터 올해까지 4년 연속 우수기관으로 선정 됐다.
또한 2009년 지역거점공공병원 Six Sigma 성과대회에서도 21개 과제중 위생재료 관리를 통한 재료비 절감과제로 복지부장관상을 수상 했다.