사업초기의 추진주체는 국가식품클러스터 추진단으로, 농식품부는 올 6월께 민간전문가 9명으로 구성할 예정이다. 추진단은 법적기구인 국가식품클러스터 지원센터가 설립될 때까지 운영된다.
추진단은 지원센터 출범때까지 국가식품클러스터의 초기 사업을 전담하며, 핵심 아이템과 사업구상, 지원센터 설립 준비, 시설설계 등을 맡게 된다.
국가식품클러스터를 총괄 운영하게 될 국가식품클러스터 지원센터는 오는 2011년께 법인으로 설립된다. 정부 출연기관으로, 추진단를 흡수해 시설착공과 교류협력 및 투자유치, 산하 센터와 지원시설 등을 맡게 된다.
전북도와 익산시는 초기 국가식품클러스터 조성과 관련된 업무를 맡는다. 주된 역할이 교류협력과 투자유치 활동이다. 이후 익산시 등은 국가식품클러스터 지원센터가 가동되더라도 투자유치 활동은 지속하게 된다.