이 법은 비밀의 범주를 '국가 안보'에서 '국가 이익'으로 확대하고, 비밀을 누설하는 행위는 물론이고 비밀을 탐지하거나 수집하는 행위까지 무겁게 처벌할 수 있는 내용을 포함하고 있다.
일각에서는 이 법이 현재 법안대로 시행되면 정부가 잘못이나 부정을 비밀로 지정해 은폐할 수 있게 되고, 이에 따라 공익제보자와 언론의 감시 기능을 위축시킬 수 있다는 비판이 제기되고 있다.
지난 2003년 대한적십자사가 혈액 관리를 잘못해 수혈 감염이 일어나고 있다고 폭로한 김용환 씨와 같은 공익제보자나, 한미 FTA 협상 문건에 담긴 문제점 등 정부의 잘못을 취재하는 언론사 기자, 상시로 정부를 감시하는 시민단체 등의 활동이 제약된다는 것이다.
또 '비밀보호법'이 통과되면 비밀 보안 업무 전반을 관장하는 국정원이 국방ㆍ외교 등 안보 분야의 비밀 이외에도 과학기술과 통상 관련 비밀까지 맡도록 해 국정원의 권한이 늘어난다.
미국에서는 정부가 비밀을 자의적으로 지정할 경우, 비밀 지정자를 처벌하도록 규정하고 있다. 부당한 비밀 지정에 이의를 제기하는 절차도 두고 있다. 비밀 관리 권한도 CIA와 같은 정보기관이 아니라 국가안전보장회의(NSC) 산하 조직으로 편성하고 있다.
KBS 1TV '시사기획 KBS10'은 2일 오후 10시 '비밀과 알 권리' 편에서 비밀보호법의 문제점과 앞으로의 방향을 조명한다.