이 단체는 고발장에서 "정부로부터 위임받아 시행해야 할 교육을 자기 마음대로하겠다며 학업성취도 평가와 교원평가를 거부하고 있다"며 "이는 학생의 학습권과 학부모의 교육권을 짓밟는 행위이며 국가공권력에 대한 도전행위"라고 지적했다.
이 단체는 수업 시간에 정부·여당을 비판하는 발언을 해 공무원의 정치적 중립의무를 위반했다며 전교조 소속 교사 3명도 국가공무원법 위반 혐의로 함께 고발했다.
김 교육감 등은 지난 13~14일 치러진 학업성취도 평가에서 학생의 시험 선택권을 부여하거나 각 학교에 미응시 학생을 위한 대체 프로그램을 마련하도록 지시하는등 정부 지침을 제대로 이행하지 않아 교육과학기술부와 마찰을 빚었다.