두 학교는 의견서에서 학교법인의 법정부담금 납부의 불확실성 관련, "자율고 지정 당시 적시한 이행약속을 충실히 따르고 지키겠다"며 "학교법인이 이미 법정전입금 기준액 이상의 재원을 확보해 놓았다"고 주장했다.
또 고교평준화 정책에 부정적 영향을 끼친다는 지적에 대해 "인구 유출의 막고 지역의 인재를 육성하기 위해서는 익산과 군산에 각 1개의 명문고가 있어야 된다"고 밝혔다. 불평등 교육을 심화시킨다는 우려와 관련해서는 "사회적 배려 대상자를 의무적으로 20% 이상 선발하게 돼 있어 공부 잘하는 학생이 돈이 없어 자율고에 가지 못하는 일은 없을 것이다"고 해명했다.
도교육청은 이날 두 학교가 제출한 의견서를 면밀히 검토해 9일 지정 취소 여부를 최종 결정해 발표하겠다고 밝혔다.