교과부는 10일 감사관실 1명과 학교지원국 2명 등 모두 3명의 직원을 파견해 교육청과 해당 학교에 대해 현장조사를 시작했다. 조사는 13일까지이며, 조사대상은 자율형 사립고 지정 및 취소와 관련한 모든 내용이며, 취소과정에 중점이 주어질 것으로 알려졌다.
교과부는 조사 결과 자율고 취소 과정에서 위법 부당한 사실이 드러나면 일정기간내에 처분을 취소하도록 시정명령을 내린 뒤, 도교육청이 이를 따르지 않을 경우 장관 직권으로 취소결정을 취소할 방침이다. 교과부는 자율고 지정때와 마찬가지로 취소때에도 시도교육감이 교과부장관과 협의해야 한다며 전북도교육청이 취소 절차를 어긴 것으로 판단하고 있다. 이번 조사에서는 절차 보다는 내용에 중점이 주어져 도교육청이 자율고 지정을 취소한 법적 절차적 근거를 따질 것으로 알려졌다.