전북도교육청에 따르면 교과부 조사팀은 12일, 이틀동안 자율고 지정 및 취소 절차와 관련된 서류들을 집중 검토한 뒤 교과부로 복귀했다. 이 과정에서 전북도교육청은 법인전입금 납부의 불확실성과 고교평준화에 미치는 악영향, 불평등 교육의 심화 우려 등 기존의 지정취소 3가지 이유를 설명하고, 지방자치시대에 걸맞게 시도교육감에 권한을 위임해줄 것을 요청했다.
교과부는 위법사항이 드러나면 시정명령을 내린다는 방침이며, 학생모집 등의 빡빡한 일정을 고려해 그 시기가 최대한 앞당겨질 것으로 예상된다.