재판부는 공판에서 "원고들이 자율고 지정 신청을 할 당시의 수익용 기본재산으로 남성고와 중앙고의 법정부담금을 부담할 수 있을 것으로 보이고 오히려 원고 학교법인의 이사장들이 수익용 기본재산을 사재로 출연했다"며 "고교 평준화 정책에미치는 영향에 관해서도 원고들이 자율고 지정 신청을 한 후 학생 선발 절차 등에관해 일부 내용을 변경했고, 이런 내용들은 자율고 지정으로 초래될 수 있는 부작용을 감소시키기 위한 것들이어서 취소사유로 보기 어렵다"고 판시했다.
재판부는 또 "불평등교육이 심화한다는 피고의 주장은 자율고의 입학금ㆍ수업료가 일반고에 비해 비싼 것은 사실이나 이는 자율고가 국가나 지방자치단체로부터 재정보조를 받지 못하는 이상 불가피하고, 피고 역시 이를 전제로 지정처분을 했다"며"원고들은 지정처분으로 초래될 수 있는 부작용을 줄이기 위해 20% 이상의 사회적배려대상자를 선설할 수 있는 방안 등을 강구했다"고 밝혔다.
재판부는 이어 "자율고 지정으로 사교육비가 증가한다고 단정하기 어렵고, 오히려 특성화 교육 등으로 사교육비를 절감할 수 있는 면도 있다"고 덧붙였다.
재판이 끝난 후 전북교육청 김지성 대변인은 "전북교육을 훼손하는 자율고를 끝까지 반대하겠으며 교육감 등과 상의해 상고 여부를 결정하겠다"고 밝혔다.
남성고 최상범 교감은 "현명한 판단을 내려주신 재판장께 감사드리고 전북교육을 걱정하는 뜻있는 인사들과 더불어 크게 환영한다"며 "더 이상의 소모적인 법리적논쟁이 있어서는 안된다"고 말했다.
전북교육청은 교육감 선거를 이틀 앞둔 지난해 5얼 31일 "법정 지정요건을 충족했고 수월성 교육 등 긍정적 효과도 기대된다"며 남성고와 중앙고를 자율형 사립고로 전격 지정했다.
그러나 진보적인 김승환 전북교육감은 취임 후 학교법인 측이 법정부담금 납부가능성이 불확실하고 고교 평준화 정책에 반한다는 이유로 두 학교의 자율고 지정을취소했다.
이에 반발한 두 학교의 법인은 법원에 자율형 사립고의 지정.고시 취소처분의취소 등의 청구소송과 행정처분 효력정지 소송을 내 법원은 지난해 9월 효력정지 신청을 받아들였고, 1심은 원고 승소 판결했다.
패소한 전북교육청은 1심 선고 직후 항소했다.