재판부는 "두 학교가 교육청에 자율고 지정 신청을 할 당시 두 학교재단은 이미 법정부담금을 부담할 수 있는 재정 여건이 마련된 것으로 보인다"며 "두 학교가 심의도 없이 학생 선발 절차 과정을 일부 변경했다고 피고는 주장하지만 이는 입학 전형에 대한 부작용을 감소 시키기 위함으로 풀이된다"고 판시했다.
재판부는 이어 "자율고 지정으로 사교육비 증가 등 불평등교육이 심화될 수 있다는 피고는 주장하지만 이는 자율고가 국가나 자치단체로부터 재정보조를 받지 못하는 이상 불가피 한 실정"으로 "자율고 지정으로 인해 사교육비가 증가한다고 볼 증거도 없을뿐더러 오히려 자율고의 특성화 교육 등으로 사교육비를 절감할 수 있는 측면도 있다"고 밝혔다.
선고공판과 관련 전북교육청 김지성 대변인은 "전북교육을 훼손시킬 수 있는 자율고 지정 문제를 직시하지 못하는 현실이 안타깝다"며 "교육감 등과 상의해 대법원 상고 여부를 결정하겠다"고 밝혔다.
반면 남성고 최상범 교감은 "현명한 판단을 내려주신 재판장께 감사드리며, 교육청도 이제 교육 수요자의 다양한 욕구를 충족시키기 위해 변해야 한다"며 "곧 새학기가 시작, 더 이상 소모적인 법리적 논쟁이 지속돼서는 안되며, 학생과 학부모가 근심 없이 새학기를 맞이 할 수 있도록 하는 것이 교육청의 책무"라고 밝혔다.