그러나 일부에서는학생들의 선택권이 너무 강조할 경우 교사에 의한 선의의 학습참여 권유행위마저 설 자리를 잃는 것 아니냐며 우려를 나타내고 있다.
전북도교육청은 학생의 자율적 선택권과 건강권 보호 등을 위해 '방과후학교·자율학습·0교시 운영 등의 학습참여 강제유도 사례 지도계획'을 마련해 일선 학교에 전달했다.
이 계획에 따르면 일선 학교는 방과후학교나 자율학습 운영때 학생과 학부모의 선택권을 보장해야 하며 정규 교육과정 운영을 저해하는 강제적·획일적 운영을 해서는 안된다. 또 늦은 귀가시간까지의 자율학습을 금지하고 정규수업시간 이전의 이른바 0교시 프로그램 운영도 금지된다.
이같은 지침을 위반할 경우 1단계로는 특별장학지도를 실시하고 그래도 민원이 계속되면 2단계로 학교운영 전반에 대한 종합감사를 의뢰한다. 종합감사 의뢰 이후에도 시정조치가 이뤄지지 않아 민원이 계속되면 각종 연구시범학교 공모나 표창대상에서 배제하고 예산지원을 제한하는 등 행·재정적으로 제재를 가하게 된다.