환경운동연합은 "개발안을 보면 새만금 중상류지역은 농업용수 유지를 위해 4등급을 유지하고 하류지역의 담수호지역은 3등급을 유지하겠다는 것이 주 내용"이라며 "현재의 수질을 보면 2007년 이후 만경강 중하류지역은 4등급, 새만금호 역시 최근 3년간 3등급을 유지, 그럼에도 불구하고 각각 4등급과 3등급을 유지하기 위해 2.8조원의 예산을 투입하겠다는 계획은 답답하기 이를 데 없다"고 지적했다.
또한 "수질개선과 유지를 위한 해수유통 방안이나 방수제 중단을 통한 전반적인 수질 환경 유지, 만경강주변 비점오염원 저감방안을 통한 수질개선 등 다양한 방안에 대한 도입검토가 배제된 이번 개발계획 확정은 심히 유감스럽다"고 밝혔다.
환경운동연합 관계자는 "새만금종합개발계획 발표내용 어디에도 환경에 대한 가치와 중점을 두고 있는 내용을 찾아볼 수 없다"며 "시대착오적인 대규모 토목공사의 허울에 가려진 환경파괴적인 새만금사업의 문제점을 그대로 안고 가기보다는 개선할 수 있는 방안을 모색해야 한다"고 말했다.