재판부는 "A군은 정상적으로 발육ㆍ발달한 건강한 아이로서 발작을 의심할 증상이나 병력이 전혀 없다가 백신 투여 후 하루 만에 경련과 강직 등 복합부분발작(complex partial seizure) 장애증세가 일어난 점 등 사정을 고려하면 접종과 후유장애의 인과관계가 있다고 보는 게 상당하다"고 밝혔다.
또 "질병관리본부 자문의(醫)가 '접종 때문에 난치성 간질이 생겼다고 확신할수는 없지만, 당시 투여한 DTaP 백신에는 치매로살 같은 독소물질이 들어 있고 이들이 치명적으로 작용해 간질의 원인이 됐을 가능성 혹은 A군이 원래 발작을 일으킬수 있는 뇌를 갖고 있는데 독소 물질이 이를 악화시켰을 가능성이 있다'고 소견을낸 점도 고려했다"고 설명했다.
A군은 생후 7개월 무렵 경기도의 한 보건지소에서 ㈜녹십자가 만든 디프테리아와 백일해, 파상풍의 혼합백신인 DTaP 0.5㎖과 동신제약㈜의 경구용 소아마비 백신0.2㎖를 근육주사와 경구용 약의 형태로 각각 몸에 투여했다.
그는 다음날 10∼20초씩 의식을 잃고 온몸 경련, 안구 편위, 왼팔 강직 등 복합부분발작 장애증세를 보여 치료를 받았고 질병관리본부에서 소정의 피해보상액과 진료비를 받았다.
그런데 이후 발작 증상이 재발하고 증세가 악화해 2008년 6월께 장애등급 1급 (간질장애 2급, 지적장애 3급)판정을 받았고 이에 A군의 아버지가 장애보상금을 신청했지만 '난치성 간질과 백신과의 인과관계가 없으며 과거 판례 등을 참고했을 때 백신에 의한 가능성이 불명확하다'는 취지로 거부됐다.
이들은 이에 불복해 이의 신청을 했지만 수용되지 않자 예방접종으로 장애가 발생했다는 점을 인정하지 않은 처분을 취소해달라고 소송을 제기했다.