김정일 국방위원장 사망과 관련해 청와대와 관련 부처는 즉각 비상체제에 돌입했으나, 김 위원장의 사망 소식이 보도된 시점과 김 위원장의 사망 사실을 정부가 언제 알았는지 논란이 되고 있다.
김 위원장의 사망 사실을 알고도 이명박 대통령이 일본 방문 일정을 조율하지 않았는지 의문이 제기되고 있으며, 일부에서는 사망 사실을 몰랐다면 정부의 외교·통일·안보 라인에 문제가 있는 것은 아닌지 지적되고 있다.
실제로 19일은 이명박 대통령의 생일과 결혼기념일로 이날 오전에는 청와대에서 직원들이 깜짝파티를 열기도 했으며, 오전까지는 평소와 같은 모습이어서 우리 정부가 사망 사실을 몰랐다는데 힘이 실리고 있다.
오히려 디도스 사태와 일본 정부와의 위안부 문제에 집중하고 있었으며, 북한 중앙방송의 특별생방송이 예고된 이후에도 청와대 박정하 대변인은 "특별한 것이 파악된 것은 없다"고 밝혔었다. 특별생방송 직전에도 청와대, 외교부측 고위관계자들도 점심 식사를 위해 자리를 비웠을 정도다.
북한이 사망소식을 이틀이 지나서야 공개한 점도 의문이 제기되고 있다. 최근 권력 승계를 놓고 내부 혼란이 있었던 만큼 테러나 사고 등도 배제할 수 없다는 의견이 나오고 있다.