도교육청은 교과부의 직무이행명령은 자치사무를 대상으로 하고 있어 위법할 뿐만 아니라 이행명령 발령 요건과 절차에도 흠결이 있기 때문에 취소돼야 한다고 밝혔다.
도교육청은 소장에서 "징계사유에 대한 최종적인 판단, 징계의결요구(신청), 징계집행 등의 사무는 소속 공무원에 대한 지휘·감독이라는 교육자치의 본질적인 사무로서 자치사무"라며 "이는 직무이행명령의 전제가 되는 국가 위임사무에 해당하지 않기 때문에 직무이행명령은 위법하다"고 지적했다.
한편 교과부는 지난 8~9월 학교폭력 학생부 기재를 거부한 도내 22개 고교를 대상으로 특정감사를 실시하고, 감사 결과 통보를 통해 지역교육장과 도교육청 교육국장, 관련 장학관 등에 대한 징계 처분을 요구한 바 있다.