전남권 대학이 현재 추진중인 의대 설립과 서남대 파문이 미묘하게 얽혀있다는 주장이다. 긴급협의회에서 나온 의문점은 '학교 정상화 보다 폐쇄에 무게 중심이 쏠리고 있다'는 위기감에서 비롯됐다.
"교육과학기술부가 서남대에 내린 일련의 학교폐쇄 과정은 지역의 정서를 무시한 조치로 절대 받아들일 수 없다"는 공동대책위원회의 입장은 이를 반영한 것으로 보여진다.
공동대책위 측은 "전남권 대학이 열악한 의료환경 개선을 위해 현재 의대 설립을 추진하고 있다. 특히 목포대는 지난 22일 서울 마포구 공덕동에 위치한 전남도 투자유치 서울사무소에서 '의대 유치추진위원회 서울사무소'의 현판식을 갖고 본격적인 유치활동에 들어갔다"면서 "의대 신설에 대한 부정적인 시각이 존재하기 때문에, 서남의대가 폐교될 경우 이를 흡수하려는 전략일 수 있다. 교육과학기술부의 향후 조치에 대해 예의주시하고 있다"고 밝혔다. 공동대책위 측은 이어 "이번 사태에 대한 1차적 책임은 서남대에 있다. 반성과 함께 학교 정상화를 위한 자구노력이 필요하다. 또한 감독을 소홀하게 한 교육과학기술부도 막중한 책임을 면할 수 없다"면서 "교육과학기술부는 학교 폐쇄라는 극단적인 조치에만 연연하지 말고, 지역과 학생들의 피해 최소화를 위한 발전적인 정상화 방안을 마련하라"고 덧붙였다.