개정에 따르면 무허가와 무신고(증축 포함) 배출시설을 설치 운영하는 축산농가는 2018년 3월 24일까지 허가(신고)를 받아야 한다.
단, 허가를 받을 수 있는 요건은 △가축사육제한 구역 내 존재하고 △ 2013년 2월 20일 이전에 허가나 신고 없이 설치한 배출시설 또는 변경한 배출시설로 그 사실을 증명할 수 있어야 하며 △ 가축분뇨법 및 다른 법령에 적합한 배출시설이어야 한다.
기간 내에 허가를 받지 않으면 사용중지 및 폐쇄명령을 하게 된다.
신고 대상 축종인 양에 염소가 포함되고 메추리가 추가돼 200㎡ 이상 사육시설은 2016년 3월 24일까지 설치신고하고 2017년 3월 24일까지 처리시설을 갖춰야 한다. 또 방목시설도 축종에 따라 신고대상에 포함되어 돼지 36마리 이상, 소와 젖소 그리고 말은 9마리 이상, 닭과 오리는 1500마리 이상, 양과 사슴 50마리 이상을 방목 사육하는 농가도 가축분뇨 배출시설 설치신고를 해야 한다.