이와 관련된 내부개발은 현재 활발하게 진행되고 있는데 새만금 내부토지를 이용하기 위한 방수제 공사가 준공되고 새만금 내부 핵심 간선도로망중 하나인 동서 2축 간선도로 건설사업(총사업비 3386억원)이 지난해 7월 착공 돼 오는 2017년 조기 개통을 목표로 공사가 진행되고 있으며, 이와 함께 새만금 신항만, 새만금 고속도로 건설사업, 농업용지 5공구 등 새만금사업이 실제로 눈앞에 드러나고 있는 가운데 지난해 10월 26일 중앙분쟁조정위원회에서 새만금 1호 방조제 4.7㎞는 부안, 새만금 2호 방조제 9.9㎞는 김제 관할 결정을 내렸다. 본래 새만금지역이 사업 전 바다였을 때 군산시 135㎞, 부안군 65㎞, 김제시 37㎞로 모두 해안선을 보유하고 있었으며, 김제, 군산, 부안 어민들은 해상경계선과는 무관하게 네 땅 내 땅 없이 자유롭게 오가며 고기를 잡아 생활을 영위했던 공동어로구역이었다.
그러나 새만금사업 이후 김제시는 7개 선착장이 모두 폐쇄되고, 갯벌이라는 무궁무진한 가치의 소중한 자산을 상실하며 1500세대 어민의 생존권이 위협받았으며, 해운사업, 해양개발 등 해양도시로서의 성장기반 동력이 완전히 차단되고, 모든 개발 잠재력을 잃게 될 절체절명의 위기에 처한 상황에서 2010년 10월 27일 중앙분쟁조정위원회에서 3·4호 방조제를 군산 관할로 결정하면서 새만금 전체구간이 일제강점기에 그어진 왜곡된 해상경계선에 의해 행정구역이 설정하게 되리라는 위기가 현실로 다가옴에 따라 이 결정에 반발한 김제시와 부안군은 대법원에 소송을 제기하여 새만금 3·4호 방조제 군산 관할 결정을 취소하고 새만금 전체구간에 대한 합리적인 행정구역 결정 기준을 제시해 줄 것을 주장했다.
그 결과 대법원에서는 새만금 전체구간 관할 결정 기준에 있어서 연접성, 자연경계, 3개 시·군 해양접근성의 형평성 고려 등을 제시해 줬는데 이러한 대법원 판결을 중앙분쟁조정위원회에서 존중한 결과 2호 방조제 9.9㎞ 김제 관할이라는 결정을 내리게 된 것이다.
새만금 내부개발 사업이 본격적으로 추진된 이후 군산시는 새만금 산업단지 한·중 FTA 산단지역 단독 선정, 산단 내 벨기에 솔베이실리카사 입주 등 가장 큰 혜택을 보고 있고, 부안군 역시 인접한 새만금 관광·레저용지 일원에서 2023 세계 잼버리 대회 개최 국내후보지로 선정 돼 홍보와 투자 유치에 있어 큰 기회를 얻고 있는데 반해 김제시와 연접된 새만금지역은 가시화 된 성과나 기반시설 설치 등이 요원한 실정이다. 그러나 김제시는 이를 근시안적이고 편협한 시각으로 보지 않고 성공적인 새만금사업과 지역 간 상생발전을 위해 묵묵히 인내하며 협조 하고 있다.
이제 새만금 행정구역은 대법원 소송에 맡겨놓고 3개 시·군이 지금이라도 소모적 논쟁을 마무리 할 수 있는 대화의 장을 마련하여 더 이상의 행정구역과 관련된 분쟁을 불식시켜 행·재정력 낭비를 지양하고 대한민국의 미래 자산이 될 ‘아시아의 허브’미래의 중심 새만금을 위해 3개 시·군이 큰 역할을 할 수 있길 기대한다.