2014년도 이행평가 결과에 따라 할당량을 초과한 자치단체는 오염원 조사와 오염배출량을 감축할 수 있는 대책을 강구해야 한다. 그러나 현재 2단계 시행 기간(2011~2015)이 사실상 종료돼 최종 평가만 남겨두고 있는 시점에서 해당 지자체들이 오염원 감축대책을 마련하고 해결하기에는 이미 때가 늦었다. 이에 따라 해당 지역에서 시행되는 각종 신규 개발사업이 제재를 받을 수밖에 없는 상황에 처해있다.
1단계 시행 기간(2006~2010년)에도 총량제도에 대한 관심 부족과 오염원 관리 소홀로 할당량을 초과한 지자체가 있었다. 이 지자체는 상당 기간 동안 신규 개발사업을 할 수 없었고, 오염물질 삭감량 추가 확보 후 개발사업을 진행할 수 있었다.
오염물질 할당량 초과배출 원인으로 가축 사육두수 증가, 폐수발생량 증가, 개발사업으로 인한 오염물질 배출량 증가 등이 꼽혔다. 가뜩이나 새만금 담수호 수질문제가 논란이 되고 있는 가운데 나온 결과에서 논란의 여지가 많다. 새만금 유역 하천은 만경강과 동진강이지만 금강과 섬진강 물까지 새만금으로 모두 유입되고 있는 실정이다. 특히 3단계 수질오염총량제가 시행되는 2016년부터는 단위 유역별 목표수질이 강화되고, 수질에 포함된 인의 총량을 뜻하는 총인(T-P) 총량제가 새만금 유역까지 확대되는 등 유역관리 기준이 한층 강화 될 전망이다.
새만금 상류유역 수질오염 방지가 새만금사업 성패도 좌우한다. 따라서 자치단체는 목표수질 달성을 위해 오폐수 처리장 증설, 가축분뇨 처리시설 확대 등 책임 있는 오염저감 노력으로 수질개선에 앞장서야 한다. 산업체와 축산농가 또한 수질오염 방지에 능동적으로 동참하여 민관이 함께 노력해야 한다. 오염물질 초과 배출에 따른 개발제한을 우려해서가 아니라 쾌적하고 건강한 환경을 후손에게 물려주어야 하는 것은 우리 세대의 의무다.