농약 허용물질 관리제도(PLS)란 국내에서 사용등록 또는 잔류허용기준(MRL)이 설정된 농약을 제외하고, 모든 농약의 농산물 잔류기준치를 일률적으로 0.01ppm 이하로 규제해 등록되지 않은 농약에 대해 사용을 금지하는 제도다.
이에 따라 국내 사용등록 또는 잔류허용기준(MRL)이 설정된 농약 이외에 미등록된 농약을 사용했거나, 농약 안전사용기준 미준수로 잔류농약 기준치를 초과해 생산된 농산물은 불이익을 받으며, 생산 농가는 행정처분을 받는다. 농산물은 용도전환, 출하연기, 전량폐기 등의 조치를 받고, 생산농가는 100만원 이하의 과태료 처분을 받는다.
이 제도는 농산물에 대한 농약 오남용을 방지하기 위해 만들어졌다.