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W는 회사정리절차가 진행 중이던 A회사를 흡수합병하면서, 유상증자에 따른 자본증가의 등기를 마쳤습니다. 이와 관련하여 과세관청의 기존 유권해석이 유상증자에 따른 자본증가의 등기가 등록세 면제 대상에서 제외된다는 입장이었으므로, W는 유상증자 등기에 따른 등록세를 신고납부하였습니다. 그러나 이후 법원의 촉탁으로 이루어지는 자본증가 등기 또한 등록세 비과세 대상이라고 과세관청의 유권해석이 변경됨에 따라 W는 등록세 신고납부행위가 당연무효임을 주장하면서 반환을 요구하였습니다. W는 등록세를 반환받을 수 있는지요.

원칙적으로 W의 등록세 신고납부행위에 법률상 하자가 있고, 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효인 경우, 등록세가 부당이득에 해당하므로 이를 수령한 지자체는 W에게 반환하여야 합니다.

그러나 이와 관련하여 대법원은 ‘신고납부방식의 조세채무와 관련된 과세요건이나 조세감면 등에 관한 법령의 규정이 특정 법률관계나 사실관계에 적용되는지가 법리적으로 명확하게 밝혀져 있지 아니한 상태에서 과세관청이 그중 어느 하나의 견해를 취하여 해석·운영하여 왔고 납세의무자가 그 해석에 좇아 과세표준과 세액을 신고·납부하였는데, 나중에 과세관청의 해석이 잘못된 것으로 밝혀졌더라도 그 해석에 상당한 합리적 근거가 있다고 인정되는 한 그에 따른 납세의무자의 신고납부행위는 하자가 명백하다고 할 수 없어 이를 당연무효라고 할 것은 아니다’라고 보아 기존의 유권해석을 근거로 하는 과세가 당연무효인 것이 아니라고 보고 있습니다.

특히 행정청의 처분행위가 당연무효이기 위해서는 그 하자가 중대하고 명백하여야 하는 바, W의 등록세 신고납부행위가 당연무효가 되는 것은 아니라 할 것입니다. 결국 위 사안에서 W는 이미 납부한 등록세를 부당이득으로써 반환받을 수는 없다고 할 것입니다. 법무법인 緣(연)

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