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정부가 전국 일선 기초자치단체장의 동의도 없이 시행된지 2년도 안 된 법인지방소득세에 대한 지자체의 독자적 과세 부여권을 폐지하려 해 논란이 일고 있다.

정부는 지난해 4월 기획재정부와 지자체의 협의로 국세인 법인세의 부가세형태로 운영됐던 법인지방소득세를 독립세로 전환했다. 각 지자체가 세율 및 감면액을 자체적으로 정하고, 과세정보 수집·경정 및 결정을 위한 세무조사권을 확보하도록 한 것이다.

그러나 시행 1년도 안된 지난 11일 지자체의 동의없이 급작스레 법인지방소득세 과세표준에 대한 중복 세무조사를 방지하기 위해 지자체의 세무조사를 국세청으로 일원화하는 내용의 세법개정안을 국회에 제출했다.

이에 군산시를 포함한 전국 226곳 일선 지자체의 반발이 심화되고 있는 실정이다.

실제 일선 지자체는 세수신장률이 낮은 부동산세제가 주요세목으로 제대로 된 재원이 없어 중앙정부에 대한 예속화가 심각한 실정이다.

재정 건전성 확보없이 지방자치제도의 취지가 퇴색된다는 지적이 제기됐고, 그 결과 소득세제에 대한 확보방안의 일환으로 독립세 개편, 즉 법인지방소득세에 대한 독자적 과세권을 부여했던 제도를 시행 2년도 안 돼 정책을 다시 지방소득세의 과세권자인 전국 226여곳의 기초자치단체장 동의 없이 다시 원점으로 되돌리려 하는 것은 지방정부의 권한을 위축시키는 것이라는 것.

군산시의 경우 법인지방소득세의 독립세 전환 후 2015년 4월 첫 신고납부를 시행한 결과 166억원이 납부됐으며, 이는 전년도 납부세액 122억원 대비 36%가 증가한 것으로 어려운 지역 재정살림에 크게 기여한 바 있다.

지방세는 광역지자체 세입인 도세와 기초지자체 세입인 시세로 나누어지는데 지방소득세는 군산시장이 과세권자인 전액 시세로서 모든세입이 군산시를 위해 쓰여지는 재원이다.

지난해부터는 국세의 공제·감면 영향에서 벗어나 안정적 세수를 확보할 수 있게 돼 지자체 재원의 안정적 확보에 큰 도움이 됐다.

김형숙 세무과장은 “지방소득세는 애초에 국세청에서 중점적으로 조사하는 상장기업 5000곳을 제외한 약 30여만개의 비상장기업 조사를 상호 보완 목적으로 합의되고 신설된 독립세”라며 “입법취지에 맞게 원칙적으로 지자체의 세무조사권이 보장되는 것이 타당하며, 기재부가 우려하는 납세자의 세무조사 부담 문제는 국세청과 지자체간 협의를 통해 세무조사 대상을 조정하는 등 제도적으로 보완해 가는 것이 올바른 방법”이라고 말했다.